2002.11.30
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新竹馬偕正式啟用為民眾服務。新竹馬偕首任院長魏志濤（2002.11 - 2004.12）
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2003.9
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承接新竹五峰鄉「IDS」計畫。
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2004
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榮獲國家品質獎銅獎及品質標章。生殖醫學中心成立 。
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2005.1.1
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第二、三任院長郭許達醫師（2005.1 - 2012.12）
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2007
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二期醫療大樓動土，並獲衛生署防疫服務團體獎、六星防疫全國第一殊榮。
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2008.11.14
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子宮頸癌防治健康關懷：認證醫院及優等醫院。
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2009.3.26
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二期醫療大樓完工感恩禮拜。
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2009.3
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提供新竹縣尖石鄉泰崗、司馬庫斯兩部落遠距健康管理服務。
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2009.12.7
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皮膚科醫學美容中心啟用。
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2010.5.29
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二期醫療大樓啟用。
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2011.1
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本院人工生殖醫學中心名列衛生署國民健康局公布「人工生殖活產率高」優良人工生殖醫療院所名單。
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2011.1.4
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99年度新制醫院評鑑-特優醫院。
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2012
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新竹馬偕十週年。推出行動掛號App，提升民眾就醫看診的便利性及服務品質。
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2012.4.2
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128切電腦斷層儀啟用。
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2012.4.12
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健康檢查中心暨生理檢查科開幕。
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2012.7
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100年度醫院緊急醫療能力分級評定，經評定為中度級急救責任醫院。
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2013.1.1
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第四任院長李宏昌醫師（2013.1 - 2016.12）
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2014
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全院推動「知識管理庫(KM)」，建立智能的馬偕。
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2015.12
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響應2015 年病人安全週活動，榮獲醫策會頒發「創意獎」。
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2017.1.1
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第五任院長蘇聰賢醫師（2017.1 - 2020.12）
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2017.7.11
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核子醫學科單光子放射電腦斷層造影系統啟用。
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2017.12.5
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榮獲總統頒發「106年全國績優志工團隊」
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2017.12.7
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榮獲醫策會頒發「持續品質改善獎 (10年)」殊榮。
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2018.11.8
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通過國健署健康醫院認證
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2018.12.25
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仰德集團捐贈醫療巡迴車，許金德紀念基金會及國賓大飯店亦共同捐贈一百萬元作為馬偕紀念醫院長期
照護基金
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2019.2.15
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LDR樂得兒產房啟用
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2019.4.9
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第四代達文西手術系統啟用。
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2019.4.19
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3T MRI磁振造影儀，為桃竹苗地區第一台具多層激發功能的最高等級之機種
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2019.4.26
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醫策會 20 周年《精誠合作獎》。
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2019.7.2
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健康檢查中心通過醫策會健康檢查品質認證
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2019.8.13
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血友病整合醫療團隊成立記者會。
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2019.11.1
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通過醫院緊急醫療能力分級評定-重度級急救責任醫院。
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2020.1
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衛生福利部公告本院為傳染病指定隔離醫院。
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2020.2.12
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通過核備為2020年度「人類免疫缺乏病毒指定醫事機構」。
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2020.3
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啟用檢驗科新冠病毒PCR項目。
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榮獲衛福部「醫院品質績效量測指標系統與落實品質改善第三階段計畫(簡稱P4P)-品質改善進步獎」。
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2020.3.2
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舉行新竹市馬偕兒童醫院醫療大樓興建工程感恩禮拜暨開工典禮。
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2020.3.3
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1152切高階斷層儀啟用。
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2020.3.11
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嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心指定本院為「嚴重特殊傳染性肺炎」通報個案之檢驗機構。
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2020.5.13
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健康檢查中心通過醫策會「健康檢查品質認證」。
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2020.12
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榮獲新竹市衛生局「2019-2020年建構社區整合性健康照護網絡計畫成果發表會」評選為領導卓越獎。
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2021.1.1
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第六任院長翁順隆醫師（2021.1 - 迄今）
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2021.2.5
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群聯電子群聯電子捐贈百萬防疫設備，竹苗唯一超紫光滅菌機器人，共兩台
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2021.6
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配合新竹市衛生局政策進行「COVID-19社區篩檢」篩檢活動。
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昌益事業群贈送造價近400萬之負壓防疫組合屋
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2021.9
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通過「人工耳蝸(電子耳)植入術」醫院認證。
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2021.9.23
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舉辦新竹市立馬偕兒童醫院上樑感恩禮拜。
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2021.10.26
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舉辦「達文西Xi機械微創手術突破300台」記者會。
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2021.11
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榮獲嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心頒發COVID-19防疫貢獻獎。
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2021.12
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榮獲第二十二屆國家醫療品質獎NHQA潛力獎。
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北區醫療網「推動兒童友善醫療服務機制」標竿卓越獎。
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2022
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新竹馬偕二十週年。
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2022.3
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因疫情本院持續推動參與各項醫療品質改善活動，榮獲醫策會頒發「深耕品質獎」。
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2022.4.9
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新竹市立馬偕兒童醫院揭牌儀式。
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2022.9
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承接新竹五峰鄉「IDS」計畫20週年。
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2022.10.31
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新竹市立馬偕兒童醫院開幕典禮。
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2023.1.17
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昌益事業群捐贈20人座中型巴士做為兩院區接駁用。
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2023.5.18
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馬偕醫療體系榮獲「110年度醫療財團法人辦理醫療法第46條規定事項績效卓著獎勵計畫」「分類傑出
獎」及「特色傑出獎」殊榮。
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2023.7.3
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Maxima CT AI電腦斷層儀啟用禮拜。
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2023.8.8
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與法務部調查局新竹市調查站簽立「國家資通安全聯防與情資分享合作備忘錄(MOU)
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